壹、簡介
現代農業專業分工，種苗產業鏈由上游育種公司（品種培育、種子生產）、中游育苗業（專業育苗）及下游種苗通路業（零售、種苗服務）所構成：
1.種子：農作物種子之採種、種子銷售者。
2.育苗：農作物之小苗培育後，以穴盤苗或其他小苗方式銷售者（蔬菜為最大宗）。
3.組織培養業：以組織培養方式生產種苗，並以瓶苗或其他型式組培苗銷售者。
種苗產業所說的「專業種苗」，指的是經由種子公司大量生產供應的種子、或育苗場透過不同專業技術培育的穴盤苗、扦插苗、嫁接苗、組織培養苗等等。專業農民已經很少自己育苗，而是委託專業育苗場取得栽培所需的健康種苗。
種苗業分工非常精細，是非常專業的一個行業。我國也有近20家重要的中小企業，從事蔬菜品種研發及種子生產，依據國際種子聯盟（International Seed Federation, ISF）101年之推估資料，臺灣種子市場全球排名第22，貿易總值90億台幣，種子進口全球排名第46，進口值10.2億台幣；種子出口全球排名第42，出口值6.3億台幣，相對於全球種子生產大國，我國面積雖小，但仍極具產業潛力。
貳、設立流程
一、 公司名稱預查
1.向經濟部辦理公司名稱及營業項目預查。
2.營業項目可多項，但裡面一定要有A101011種苗業。
3.公司名稱不一定要秀出工程顧問的字樣，例如：開發顧問有限公司，也是可以。
4.公司設立在台北市者，另外要營業場所預查。
二、 向各縣市政府農業局處申請核發登記證
1.申請書1份。
2.檢附負責人身分證正反影本及填具本申請書 一式二份。
3.經營種苗種類請於適當項目上方格內打「v」 記號；如為育種、種子繁殖、苗木繁殖及基 因轉殖植物種子繁殖、苗木繁殖業者，應填 具營業設備配置表一式二份。
4.如已申請公司登記應檢附公司登記相關資料影本一份、尚未辦理公司登記或商業登記者須附公司或商業名稱預查表。
5.苗木繁殖業者申請種苗業登記時，應檢附苗 圃土地所有權狀影本、土地登記簿謄本（一 個月內）、租借使用土地證明或契約書。
6.都市計畫內需附土地分區使用證明。
7.房屋使用同意書（申請人為房屋所有權人則免附）、切結書、、等資 料。
8.使用合法農舍作為種苗販賣營業場所，僅限以使用執照面積作營業 場所，不得擅自增建、違建或使用農業資材室等設施，作倉儲或販 賣場所。
9.商號地址如為自有，應檢附房屋稅單影本二 份（如為親人所有，則需附屋主身份證影本 及房屋稅單影本），如為租賃，則需檢附租 賃契約書（契約書上需有承租人、地址及租 期）。
10.苗木繁殖業土地位置非位於營業登記所在地者，另附土地使用分區證明書、土地登記謄本、地籍圖。
11.文件審查後開立繳款書，應繳付種苗業登記證書費新台幣800元（繳款單請向農糧科領取）。
三、赴現場勘查基本設備
1.現場勘查經營種苗業之設備是否符合「種苗業者 應具備條件及標準」第 4 條規定(經營育種或繁殖之種苗業者應具備設備)。
2.基因轉殖植物種子繁殖、基因轉殖植物苗木繁殖業者亦須填寫本營業設備配置表。
四、 辦理公司登記
(一)、有限公司
1、公司設立登記申請書
2、有限公司設立登記表
3、股東、董事同意書
4、公司章程
5、股東、董事資格及身分證明文件
6、建物所有權人同意書
7、最近一期房屋完稅稅單
8、會計師資本額查核報告書
(二)、股份有限公司
1、公司設立登記申請書
2、發起人、董事會議事錄
3、公司章程、發起人名冊
4、董事、監察人願任同意書
5、發起人、董監事資格及身分證明文件
6、建物所有權人同意書
7、最近一期房屋完稅稅單
8、會計師資本額查核報告書
9、股份有限公司設立登記表
五、國稅局辦理營業登記：申請統一編號(扣繳用)及稅籍編號(報稅用)
參、稅務申報
肆、其他注意事項
一、種苗業組織性質可以有哪些?
商號、有限公司、股份有限公司型態方式經營。
二、資本額有限制嗎?
無資本額限制。
三、農舍可作為種苗販賣營業場所之使用嗎?
1.依「非都市土地容許使用執行要點」第 2 條附表一「非都市土地容 許使用項目之許可使用細目目的事業主管機關表」規定『農舍』得 作「農產品之買賣、農作物生產資材及日用品買賣、、、」，爰此， 本府僅同意以農舍作種苗販賣營業場所使用，不得兼營其他營業項 目。另不得以農業資材室、農機具室、管理室、倉庫、停車場等理由，擅自增擴建及違規使用，違者，除依違反非都市土地使用 管制規則送交本府地政處以區域計畫法裁處外，併同撤銷農藥販賣業執照。
2.以「合法農舍」申請種苗業登記證（限以農舍所有權人為種苗業登 記證上之負責人，不得將農舍租借他人作種苗販賣營業場所），應再 檢附現況照片及簽具切結書。
四、資材室可作為種苗販賣營業場所之使用嗎?
有關農業設施如：溫室、網室、農業資材室、農機具室、管理室、 農糧產品加工室、、、等，不得作種苗販賣營業場所使用。