壹、簡介
凡經營藥物販賣業者，於設立前應向當地衛生主管機關申請販賣業藥商許可執照，有關執照申請之標準化作業及程序。
一、「藥商」係指藥品販賣業者、藥品製造業者。
二、「藥品」係指下列各款之一之原料藥及製劑：
1.載於中華藥典或經中央衛生主管機關認定之其他各國藥典、公定之國家處方集，或各該補充典籍之藥品。
2.未載於前款，但使用於診斷、治療、減輕或預防人類疾病之藥品。
3.其他足以影響人類身體結構及生理機能之藥品。
4.用以配製前三款所列之藥品。
三、「藥品販賣業者」係指經營西藥、中藥批發、零售、輸入及輸出之業者。
貳、設立流程
一、 登記前應經特許之許可流程介紹
(一) 中央目的事業主管機關：
衛生福利部
(二) 受理許可申請之機關：
直轄市或縣（市）衛生主管機關
(三) 公司登記前應先經許可之登記項目：
- 設立或新增本項營業項目
- 遷址
(四) 商業登記前應先經許可之登記項目：
- 設立或新增本項營業項目
- 遷址
(五) 法規依據：
二、設立流程應備文件 :
(一) 第一階段 : 籌設許可申請 – 直轄市或縣（市）衛生主管機關
1.藥商籌設許可申請書【(民)表一】(依公司組織之藥商用)(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
2.負責人身分證影本正反面1份(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
3.負責人私章、公司章(驗戳後發還)(若以郵寄方式申請，請於核准後帶章至衛生所審查)。
4.無公司登記者檢附公司名稱預查登記表(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
5.有公司登記者檢附公司登記核准函文(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
6.委託書、代理人身分證明正本(驗後發還)及正反面影本1份(限非本人親自辦理者)。
7. 西藥商附加文件 :
(1) 西藥販賣業者應同時辦理藥師（劑生）執業登記
(2) 西藥販賣業者之藥品及其買賣，應由專任藥師駐店管理。但不售賣麻醉藥品者，得由專任藥劑生為之。
(二) 第二階段 : 申辦公司設立登記
1. 公司登記流程
(1) 所營事業代號查詢：
F108011 中藥批發業
F108021 西藥批發業
F208011 中藥零售業
F208021 西藥零售業
2. 公司設立應備文件：
(1) 有限公司：
A. 公司設立登記申請書
B. 章程影本
C. 其他機關核准函影本
D. 股東同意書影本、董事同意書影本 ( 無董事長者免附 )
E. 董事願任同意書影本（董事於股東同意書同意時免附）
F. 建物所有權人同意書影本及所有權證明文件影本
G. 會計師資本額查核報告書
H. 股東資格及身分證明文件影本 ( 股東為本國公司或經登記之外國公司者免附 )
I. 董事資格及身分證明文件影本
J. 設立登記表 2 份
K. 登記費：按章程所定資本總額每新臺幣四千元一元計算；登記費未達新臺幣一千元者，以新臺幣一千元計收
(2) 股份有限公司：
A. 公司設立登記申請書
B. 章程影本
C. 其他機關核准函影本
D. 發起人會議事錄影本
E. 董事會議事錄或董事同意書影本
F. 董事、監察人及董事長願任同意書（政府股東指派之董事、監察人免附）影本
G. 發起人名冊影本
H. 會計師資本額查核報告書
I. 發起人資格及身分證明文件影本
J. 董監事資格及身分證明文件影本
K. 建物所有權人同意書影本及所有權證明文件影本
L. 設立登記表 2 份
M. 按其實收資本額每新臺幣四千元一元計算，而未達一千元者，以一千元計收
(三) 第三階段 : 藥商設立登記申請
1.藥商(局)設立(變更)登記申請書【(民)表一】(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
2.負責人身分證影本正反面1份(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
3.負責人私章、公司章(驗戳後發還)(若以郵寄方式申請，請於核准後帶章至衛生所審查)。
4.公司章程及股東名冊(非公司組織者免附)】(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
5.公司變更登記事項表(驗後發還)及影本1份(非公司組織者免附)。
6.商號登記表(非商號免附)。
7.藥商（局）營業場所位置圖暨設備略圖【(民)表二】(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
8.藥商（局）設立（異動）現場調查表【(民)表三】(若以郵寄方式申請，請在文件上蓋公司大小章)。
9.藥事人員（異動）登記申請書【(民)表四】（列冊中藥商免附)。
10.藥師（生）入會公會證明（列冊中藥商免附)。
11.藥師（生）照片二張及私章（列冊中藥商免附)。
12.藥師（生）身分證正反面影本一份（列冊中藥商免附)。
13.藥事人員證書正本(驗戳後發還)及影本一份（列冊中藥商免附)。
14.藥師（生）在職證明一份（列冊中藥商免附)。
15.委託書、代理人身分證明正本(驗後發還)及正反面影本1份(限非本人親自辦理者)。
16.工廠登記證相關資料影本(非製造業免附)。
17.費用 : 執照規費1,000元、藥師執照300元
(四) 加入公會
四、資本額 :
無限制
五、可否以行號 ( 獨資合夥）方式設立？
可以，例如XX藥品行、XX藥局。
參、稅務申報
一、相關行業代號與成本率分析
| 110年度標準代號 | 小業別 | 擴大書審純益率 | 所得額 標準 | 同業利潤標準 | ||
| 毛利率 | 費用率 | 淨利率 | ||||
| 藥品、醫療用品及化妝品批發業 | ||||||
| 4571- -12 | 西藥批發 | 6 | 7 | 22 | 14 | 8 |
| 藥品、醫療用品及化妝品零售業 | ||||||
| 4751- -12 | 西藥零售 | 6 | 8 | 25 | 15 | 10 |
肆、財政部新聞稿
一、藥局兼營藥品或其他用品銷售業務者，應辦理稅籍登記並課徵營業稅!
財政部臺北國稅局表示，藥師、藥劑生親自主持之藥局，依醫師處方箋調劑藥品向健保局領取之調劑費及藥品費，係屬藥局經營藥品調劑、供應業務收入，應按其收入核定主持藥師、藥劑生之執行業務所得，依加值型及非加值型營業稅法第3條第1項但書規定，非屬營業稅課稅範圍，故尚無課徵營業稅及開立統一發票問題；藥局如專營藥品調劑、供應業務，未兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務者，可免辦稅籍登記，不課徵營業稅；惟如有兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務者，則應依法辦理稅籍登記，並依法課徵營業稅。
該局呼籲，藥局如有兼營藥品、營養食品或其他用品銷售業務未辦稅籍登記者，在未經檢舉、未經稅捐稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查前，請儘速向轄區國稅局辦理稅籍登記，自動補報繳所漏稅款並加計利息者，可適用稅捐稽徵法第48條之1規定，免予處罰。 財政部臺北國稅局 發布日期：2019-10-28
二、賣保健食品漏報收入6千萬，遭補稅處罰!
保健食品、療癒商品熱銷，也使相關產業成國稅局營業稅選案查核主要對象。中區國稅局查獲轄內業者販售保健食品，未開統一發票並漏報銷售額新台幣6000萬餘元，依法補稅處罰。
中區國稅局表示，日前接獲民眾來函，表示他向某中藥批發商購買宅配保健食品，但店家卻未依規定開立統一發票，質疑有逃漏稅情事。國稅局分析其營業情形，發現該店家申報銷售額僅2、3百萬元，營業淨利為負數，明顯異常。
國稅局進一步調查後發現，該中藥批發商以家人、親戚作為人頭戶，收受消費款項，再去貨運行支付宅配運費。官員指出，由於該中藥批發商透過個人名義支付運費，因此貨運行開立二聯式統一發票，但開立金額很高，明顯與一般民眾寄送少量貨品的情況不符，確認該中藥批發商有逃漏稅之實。
官員表示，該中藥批發商未依規定開立統一發票，並漏報銷售額逾6000萬元，依法補徵營業稅325萬餘元、營所稅88萬餘元，並科處罰鍰。國稅局表示，除了保健食品外，療癒商品也屬於網路熱銷宅配大宗，為維護租稅公平，國稅局自4月1日起開始進行營業稅選案查核作業，販售熱銷人氣商品的相關產業，都是國稅局加強查核對象。
國稅局官員呼籲，營業人若有銷售貨物或勞務，未依規定開立發票報繳營業稅情事，在未經檢舉或調查前，應主動向所轄稽徵機關補申報，並且補繳所漏稅款和加計利息，即可免予處罰。 中區國稅局2016-05-02
伍、資料來源：
一、中華民國財政部國稅局
二、衛生福利部縣（市）衛生主管機關
三、臺北市商業處公司登記主題網
四、臺北市商業處商業登記主題網
五、公司與商業登記前應經特許業務暨項目查詢服務平台
六、經濟部商業司商工登記公示資料查詢服務